农产品物流过程中最大的安全隐患是由各种致病微生物及其所产生的毒素污染的问题。这些微生物污染食品后轻则会引起食品的腐败变质，重则会导致严重的食源性疾病。鲜活农产品，由于缺乏前期的杀菌、防腐等处理，带入性的生物性污染比较严重；而且鲜活的农产品在物流过程中还很容易受到各种污染物，包括致病性微生物污染，一旦条件合适这些污染食品的微生物会大量繁殖。此外，各种病原菌分泌产生的大量次生代谢产物也可能会引起严重的食品安全问题。